Isolation of microsatellite markers in Squalius lucumonis (Bianco, 1983) and cross-species amplification within the family Cyprinidae and other freshwater fish species
Abstract
Il cavedano etrusco, Squalius lucumonis (Bianco, 1983), è una specie endemica segnalata nei bacini dei fiumi Arno, Tevere, Ombrone e Serchio. S. lucumonis è compresa nell’Annesso II della Direttiva Habitat dell’Unione Europea e nell’Appendice III della Convenzione di Berna, inoltre è inclusa nella IUNC Red List of Threatened Species 2010.3 come specie minacciata B2ab (i, ii, iii, iv). Ad oggi, in letteratura non sono noti marcatori microsatelliti per questa specie, sebbene ne esistano per altri Ciprinidi. In questa ricerca sette loci microsatelliti specifici per S. lucumonis sono stati isolati mediante allestimento di una libreria genomica arricchita e ne è stato analizzato il polimorfismo per un pool di cinquanta esemplari campionati in quattro corsi d’acqua umbri. Gli ampliconi marcati mediante fluoro cromi sono stati analizzati con un sequenziatore capillare ed i frammenti risultanti sono stati analizzati mediante software dedicati. Inoltre, tutti i loci sono stati testati in esperimenti di cross-amplificabilità con undici specie di Ciprinidi e altre quattro specie ittiche comunemente presenti negli stessi habitat. Il numero degli alleli totale per S. lucumonis variava da 5 (Sluc11) a 18 (Sluc4), e i valori di eterozigosità osservata e attesa variavano da 0.05 (Sluc12) a 0.80 (Sluc4; Sluc7; Sluc11) e da 0.22 (Sluc12) a 0.90 (Sluc4) rispettivamente. L’applicazione dei loci ad altre specie di Ciprinidi ha dato esito positivo nel 70% dei casi, mentre nessun locus è risultato amplificabile nelle quattro specie non appartenenti a questa famiglia.
I loci isolati in questa ricerca costituiscono dei validi strumenti per inferire la diversità genetica di popolazioni di cavedano etrusco e per stabilirne le relazioni filogenetiche e filogeografiche. La cross-amplificabilità in altre specie di Ciprinidi fornisce un sostanziale contributo nello sviluppo di marcatori molecolari utili per future indagini su specie appartenenti a questa famiglia. In particolare, poiché è stata più volte discussa la validità della specie S. lucumonis, la cross-amplificabilità con i co-generici presenti negli stessi habitat e la verifica di alleli caratterizzanti potrebbe consentire, congiuntamente ad altri marcatori, di chiarire questo importante aspetto tassonomico.
